万历皇帝朱翊钧十岁即位，在张居正当政时，一切政事，不相关白，九五之尊，形同傀儡，甚至起居饮食，皆不〖自〗由，少年万历帝积愤甚深，所以才有张居正死后的大清算，而且从此厌恶臣下操权，选阁臣就有意挑一些软熟的，如张四维、赵志皋、朱赓这些人，忠谠好谏的一概不用，内阁也就完全成为了皇帝的秘书机构，权力大不如前——
然而没有了敢担当、有才干的阁臣，一切政务都要压到万历帝头上，万历帝又没有张居正那样的才略，废除张居正的新政后没有更好的施政措施，更无法平衡各种政治力量，以致朝政日坏，党争纷起——
近十年来，万历帝掌握了一个对付臣下的好方法，那就是留中不发，对于臣下的奏章不予答复，除了无能、懒惰和偏执之外，就是用所谓的“无为而治”来消弱、制约内阁和外廷对皇权的压力，反正天塌不下来，什么事都可以放一放，先观望，这次内阁次辅吴道南关于礼闱科举舞弊案的奏疏二月二十七日傍晚送到司礼监，司礼监掌印太监卢受不敢怠慢，连夜到乾清宫弘德殿向万历帝禀报，对这种三年一次的会试出现严重的陷害舞弊案，万历帝表示：“不急，留中待批，看看外廷有何反映。”
果然，到了二十八日傍晚，就有广东道御史李嵩、浙江道御史周师旦、吏科给事中姚宗文、工科给事中刘文炳四道奏疏弹劾吴道南。抨击吴道南主持会试时独断专行把本应黜落的考卷执意拨置榜单高中，又阅卷昏庸，所取的会元有作弊之嫌，致使考生大哗——
姚宗文还有专门奏疏弹劾詹士府左春坊左赞善徐光启。说徐光启与考生张原暗通关节，把一份犯先帝庙讳的考卷强行荐上去，究竟原因是张原与徐光启都是焦竑的弟子。
万历皇帝继续观望——
到了三月初一。礼部尚书刘楚先、礼部右侍郎何宗彦、礼科给事中姚永济、户部巡漕御史朱阶奏请皇帝命礼部会同科道对丙辰科会元沈同和、第七名赵鸣阳还有一百一十五名因贡院失火烧毁了墨卷的考生进行复试，以平息考生的怨气——
万历皇帝看看火候已到。先批复准许复试，只考一场，作五篇八股文即可，四书题三篇、本经题两篇，今科第六名考生张原因争议极大，同样也要参加复试，若制艺粗疏，也将黜落。
批复送到内阁。首辅方从哲松了一口气，皇帝没有立即要求严查科举案是有大智慧的，很多事越追究越混乱，糊涂着过、息事宁人反而是上策，当然，这只是方从哲的想法，吴道南很不以为然，吴道南觉得让
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